Тип на ДНК маркер, генерирани от разлагане на геномната ДНК с две ограничение ензими да създаде много ДНК фрагменти, лигиране на специфични последователности на ДНК (наречени адаптори) до краищата на тези фрагменти, усилване на фрагментите чрез PCR (с помощта на набор от праймери с последователности, съответстващи на адаптери, плюс различни произволни комбинации от три допълнителни бази в края)и визуализация на фрагментите чрез гел електрофореза. PCR ще разширят всеки фрагмент, чиято последователност се случва да се започне с някоя от три база последователността в набор от праймери. AFLPs имат важно предимство, че много маркери могат да бъдат генерирани с относително малко усилия. , Те са много полезно средство за количествено степента на генетичното разнообразие в рамките на и между популациите. Си основен недостатък е, че те не са специфични за конкретен Локус и, защото те са отбелязани като наличието или отсъствието на група, хетерозиготи не се различават от homozygotes, т.е., те са наследени в господстващо мода.