Настъпване на промяната в дължината на ДНК фрагменти, които са произведени след разцепване с ограничение endonuclease тип II. Разликите в ДНК дължини се дължат на наличието или липсата на признаване площадка(и) за този ензим ограничение. RFLPs са били първоначално открити използване на хибридизация със сонди ДНК след отделянето на усвоява геномната ДНК от гел електрофореза (Южна анализ). , Сега те обикновено се откриват чрез електрофореза на усвоява PCR продукт.