Fundada el 1979 per estudiants de palestins a Egipte que havia partit de la Germandat musulmana palestins a la franja de Gaza. Els fundadors van ser influenciats per la revolució islàmica a l'Iran, així com la radicalització i militància d'organitzacions estudiantils islàmic egipci. Que va mantenir bones relacions amb radicals estudiants egipcis islàmics, alguns dels quals van estar involucrats en l'assassinat del president Sadat, i com a resultat, els radicals islàmics palestins van ser expulsat d'Egipte i va tornar a la franja de Gaza, on van començar formalment les seves activitat com una organització de la Jihad islàmica. Durant el 1980, uns quants altres grups de la Jihad islàmica Palestina es van formar, però la facció que ha sobreviscut és aquest, aquell que Professor Sami al-Arian suposadament estava treballant amb.