Un protocol de recerca que distingeix entre els enfocaments de la "caixa negra" on l'investigador manipula un desconegut i aproximacions "blanc Caixa" on el coneixement de com funciona alguna cosa determina els mètodes utilitzats per estudiar-lo. En general, límits d'ecologia-se als mètodes de caixa negra mirant fenòmens naturals de l'exterior, "objectiva", mentre que l'ecologia profunda, ecopsychology i altres perspectives més interactius s'esforcen per estar en contacte amb el funcionament intern de la natura.