El procés de recombinació que s'Insereix una petita molècula d'ADN (normalment per recombinació homòloga) en un més gran. Si les molècules són circulars, integració implica només una sola crossing-over; si lineal, llavors dues travessies per damunt són obligatoris. A exemple ben conegut és la integració dels fags λ (lambda) de l'ADN en el E. coli genoma.