L'aparició de la variació de la longitud de l'ADN fragments que es produeixen després de divisió amb un endonucleasa de restricció de tipus II. Les diferències en longituds de l'ADN són a causa de la presència o absència de reconeixement site (s) per a aquell determinat enzim de restricció. Radioactius eren inicialment detectats mitjançant hibridació amb sondes d'ADN després de la separació de l'ADN genòmic de digerir per gel d'electroforesi (anàlisi del Sud). Ara que es detecten típicament per electroforesi de producte PCR de digerir.