Un polymorphisme (q.v.) à un site particulier de base dans une séquence de codage, par exemple, à la base de 306 dans un gène particulier, une personne pourrait être hétérozygote pour a et g: l'allèle maternel pourraient avoir un a sur ce site, alors que l'allèle paternel a un g sur ce site. Ce type de polymorphisme est étendu dans tout le génome et a le grand avantage d'être détectable sans la nécessité d'une électrophorèse sur gel, ce qui ouvre la voie à l'automatisation à grande échelle de génotypage.