Třída endonucleases, která štěpí DNA po uznání konkrétní sekvence, například Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´) a Hin dIII (5´AAGCTT3´). Existují tři typy omezení endonuclease enzymů:

typ I: škrty bez konkrétně na vzdálenost větší než 1000 bp z řady jeho uznání a obsahuje omezení a methylace.

Typ II: Škrty v nebo poblíž krátký a často Palindromické (formy), uznání sekvence. A samostatné enzym methylates stejném posloupnost uznání. Mohou dělat škrty ve dvou pramenů DNA přesně naproti sobě a generovat tupý skončí, nebo se může učinit střídavý škrty generovat lepivé konce. Typ II omezení enzymy jsou ty běžně využívány v rekombinantní DNA technologií.

Typ III: škrty 24-26 bp po proudu z řady krátké, asymetrické uznání. Vyžaduje ATP a obsahuje omezení a methylace aktivit.