Endonucleases, som genkender specifikke base sekvenser inden for en DNA helix, oprette en dobbelt-strand bryde af DNA.

Note: Type I begrænsning enzymer binder til disse genkendelsessekvenser men efterfølgende klipper DNA på forskellige steder. Type II-restriktionsenzymer både binder og klippe inden deres anerkendelse eller target websteder.