Eine Art von DNA-Marker, generiert durch Verdauung von genomic DNA mit zwei Restriktionsenzymen erstellen viele DNA-Fragmente, Verbindung der spezifischen Reihenfolgen von DNA (so genannte Adapter) an den Enden dieser Fragmente, Verstärkung der Fragmente über PCR (mit eine Reihe von Grundierungen mit Sequenzen, die Adapter sowie verschiedene zufällige Kombinationen von drei zusätzliche Basen am Ende entspricht), und Visualisierung der Fragmente durch Gelelektrophorese. Der PCR wird jedes Fragment zu verstärken, deren Sequenz geschieht mit jedem der drei-Base Sequenzen in der Menge der Zündkapseln zu starten. AFLPs haben den wichtigen Vorteil, dass viele Marker können mit relativ geringem Aufwand generiert. , sie sind ein sehr nützliches Mittel zur Quantifizierung des Umfangs der genetischen Vielfalt innerhalb und zwischen Populationen. ihr großer Nachteil ist, dass sie sind nicht spezifisch für einen bestimmten Ort, und weil sie als Vorhandensein oder Nichtvorhandensein einer Band erzielte, heterozygot können nicht von homozygoten, d.h. zu unterscheiden, sie werden eine dominant vererbte geerbt.