Ein Klassifikationsschema, die angibt, welche Plasmide in eine einzelne Zelle nebeneinander bestehen können. Inkompatibilität der verschiedenen Gruppen innerhalb derselben Zelle koexistieren muss Plasmide angehören. Plasmide, die zu der gleichen Inkompatibilität-Gruppe gehören sind instabil, wenn in derselben Zelle platziert. A Plasmid Klonen Vektor sollte immer eine Inkompatibilität Gruppe verschieden von der des Bakteriums Host endogene Plasmide angehören.