La ocurrencia de la variación en la longitud del ADN fragmentos que se producen después de escote con una endonucleasa de restricción de tipo II. Las diferencias en longitudes de ADN son debido a la presencia o ausencia de sitios de reconocimiento para esa particular enzima de restricción. RFLPs inicialmente fueron detectados mediante hibridación con sondas de ADN después de la separación del ADN genómico digerido por electroforesis (análisis del Sur). Ahora generalmente son detectados por electroforesis del producto PCR digerido.