Esinemise pikkus DNA variatsioon killud, mis on toodetud pärast koos tüüp II restriktaasi lõhustamiseks. Erinevused pikkusega DNA olemasolu või puudumise puhul seda eriti restriktsiooniensüümi tunnustuse taotlus. RFLPs olid algselt tuvastatud DNA-proovide hübridisatsioon abil lagundatakse genoomse DNA eraldamine pärast geelelektroforeesiga (Lõuna-analüüs). Nüüd avastatakse tavaliselt lagundatakse PCR-saaduse elektroforeesi teel.