Vuonna 1993 bin Ladenin lähetti hänen luotetuimmista alipäälliköistä auttaa paikallisen sotapäällikön Mohamed Farah Aideed, ja siitä lähtien sitten tässä maassa on ollut al Qaida-päämaja.

Mogadishussa tulitaistelussa Aideed n armeija tappoi 18 US armeijan joukot, jotka olivat palveluksessa YK: n rauhanturvaajia. Kansalaiset vetää elinten kaduilla ja näitä kuvia näytettiin televisiossa.Silloinen presidentti Clinton vastasi peruuttamalla maasta.