Systemaattinen nimi ja numero, joka tunnistaa entsyymin teknisen kirjallisuuden. Vastuuhenkilö entsyymi komission EY-numero koostuu neljän numeron erotettu pisteellä: ensimmäinen luokittelee entsyymin yksi kuusi laajaan ryhmään: 1. sietokyvyn aiheuttava; 2. Transferases; 3. Hydrolaasien; 4. Lyases; 5. Isomerases; 6. Ligases. Jokainen ryhmä jakaa alaryhmiin kunkin alaryhmän osaksi sub-sub-groups, ja on erityinen entsyymi, esim EY 3.1.21.1 on deoxyribonuclease.