1. Salah satu sepasang nukleotida pangkalan itu bentuk ikatan hidrogen dengan satu sama lain. Pasangan adenina (A) dengan timin (T) (atau dengan urasil (U) pada RNA), dan pasang guanina (G) dengan sitosin (C).

2. Salah satu sepasang segmen atau helai asam nukleat yang akan hydridize (bergabung oleh ikatan hidrogen) dengan satu sama lain.