Mikroorganisme penyebab penyakit yang ditemukan dalam makanan, biasanya bakteri, jamur, parasit, protozoa, dan virus. Sepuluh besar patogen adalah: Salmonella; Staphylococcus Aureus, Campylobacter jejuni, Yersinia enerocolitica; Listeria monocytogenes, Vibrio cholerae non-01; Parahemolyticus Vibrio; Bacillus cereus, Escherichia coli - enteropathogenic, dan Shigella. Banyak patogen ini dapat ditemukan dalam daging yang terkontaminasi, unggas, telur shell, produk susu, dan makanan laut.