Endonucleases yang mengakui urutan dasar tertentu dalam DNA heliks, menciptakan ganda berutas istirahat DNA.

Catatan: tipe I pembatasan enzim mengikat ke situs pengakuan ini tetapi kemudian memotong DNA pada situs yang berbeda. Tipe II pembatasan enzim mengikat maupun memotong dalam situs mereka pengakuan atau sasaran.