Urutan nukleotida tertentu pada DNA yang diakui oleh tipe II pembatasan endonuklease dan dalam yang membuat memotong beruntai ganda. Situs pembatasan biasanya terdiri dari empat atau enam pasangan basa yang biasanya palindromic (q.v.),

misalnya, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

untai dua dapat dipotong baik berlawanan satu sama lain, untuk membuat ujung tumpul, atau cara terhuyung-huyung, memberikan lengket berakhir, tergantung pada enzim yang terlibat.