Pengolahan limbah adalah salah satu proses bioteknologi paling luas dalam masyarakat Barat, untuk menangani sejumlah besar limbah manusia dan hewan yang menghasilkan masyarakat seperti. Metode pengobatan limbah bervariasi, tetapi semua memiliki dasar biologis untuk memecah materi organik di limbah dan mengubahnya menjadi sesuatu yang dapat dilepas dengan aman ke lingkungan (biasanya sungai atau laut).