Nome e numero che identificano un enzima nella letteratura tecnica. Assegnato dalla Commissione di enzima, il numero CE è costituito da quattro numeri separati da punti: la prima classifica l'enzima in uno dei sei grandi gruppi: 1. ossidoreduttasi; 2. Transferasi; 3. Idrolasi; 4. Liasi; 5. Isomerases; 6. Ligasi. Ogni gruppo è suddiviso in sottogruppi, ogni sottogruppo in disperso e l'ultimo numero è specifico per l'enzima, per esempio, CE 3.1.21.1 è desossiribonucleasi I.