Un tipo di DNA marker, generato dalla digestione del DNA genomico con due enzimi di restrizione per creare molti frammenti di DNA, legatura di specifiche sequenze di DNA (chiamato adattatori) alle estremità di questi frammenti, amplificazione dei frammenti mediante PCR (con un set di primer con sequenze corrispondenti agli adattatori, oltre a varie combinazioni casuali di tre basi supplementari alla fine)e la visualizzazione dei frammenti tramite elettroforesi del gel. La PCR amplificheranno ogni frammento cui sequenza accade per iniziare con una qualsiasi delle sequenze di tre-base del set di primer. AFLPs hanno l'importante vantaggio che molti marcatori possono essere generati con relativamente poco sforzo. Sono un mezzo molto utile per quantificare il grado di diversità genetica all'interno e tra le popolazioni. Loro svantaggio principale è che non sono specifici per un particolare locus e perché essi sono segnati come la presenza o l'assenza di una band, gli eterozigoti non possono essere distinto da omozigoti, cioè, vengono ereditati in modo dominante.