In relazione a qualsiasi due loci, la presenza di aplotipi (gameti) con una frequenza uguale al prodotto della frequenza degli due alleli rilevanti, ad esempio, loci a e b sono in linkage equilibrio se la frequenza dell'aplotipo (gamete) A _I b _i è uguale al prodotto delle frequenze di alleli ai _i e b _i. a.k.a linkage equilibrio, ma questo è un termine fuorviante, perché il concetto si applica ugualmente a loci collegati e scollegati.