Una sequenza di nucleotide - composta in genere da 4, 6 o 8 nucleotidi - che è riconosciuta da e a cui si associa un'endonucleasi di restrizione (enzimi di restrizione). Di tipo II gli enzimi di restrizione (quelli usati negli esperimenti di clonazione genica) è anche la sequenza all'interno del quale l'enzima taglia specificamente (e loro enzimi corrispondenti metilare) il DNA, cioè per enzimi di tipo II, il riconoscimento e il sito di destinazione sono la stessa sequenza. Di tipo enzimi legano al loro sito di riconoscimento e poi fendere il DNA presso qualche posizione più o meno casuale di fuori di quel sito di riconoscimento.