L'occorrenza di variazione nella lunghezza del DNA frammenti che sono prodotte dopo la scissione con un'endonucleasi di restrizione di tipo II. Le differenze nella lunghezza del DNA sono dovuti alla presenza o assenza di siti di riconoscimento per quel determinato enzima di restrizione. RFLPs sono stati inizialmente rilevati mediante ibridazione con sonde di DNA dopo la separazione del DNA genomico digerito da elettroforesi (analisi del sud). Ora che sono in genere rilevati mediante elettroforesi del prodotto PCR digerito.