פרוטוקול מחקר המבדילה בין גישות "קופסה שחורה" שבו החוקר מפעיל לא מוכר, וגישות "לבן תיבת" שבו הידע של איך משהו עובד קובע את שיטות השתמשו כדי לחקור את זה. , אקולוגיה וביתנו עצמו לשיטות קופסה שחורה על ידי הסתכלות אירועים טבעי מבחוץ, "באופן אובייקטיבי", ואילו אקולוגיה עמוקה, ecopsychology ופרספקטיבות אינטראקטיביים יותר אחרים שואפים להיות בקשר עם ליבתו של הטבע.