פחמן אורגני המהווה את המשאבה ביולוגי מועבר בעיקר על-ידי שוקע חומר הממטרים, לדוגמה אורגניזמים מתים (כולל מחצלות אצות) או כדורי faecal. עם זאת, כמה מגיע הפחמן האוקיינוס העמוק כמו פחמן אורגני מומס (DOC) בתחבורה הפיזי תהליכים כגון downwelling ולא שוקע. משאבה פחמן.