ランダムでない単一サイトの変更をし、構造と機能特性のために分析され、特に変更されたタンパク質の合成を指示するプロモーターに結合することができる変異遺伝子を生成するために構造遺伝子（部位特異的変異誘発）に導入する手続きして、予測と求められているプロパティと比較。蛋白質の設計は、コンピュータグラフィック技術やその他の高度な分子モデリング技術によって支援されることがあります。