DNA の長さの変動の発生とタイプ II の制限の endonuclease の開裂後生成されるフラグメントします。DNA の長さの違いを認識サイト （その特定の制限の酵素のための有無が原因です。RFLPs 当初検出された交配 DNA プローブを用いた消化ゲノム DNA の分離後ゲル電気泳動 (南部解析)。彼らは、通常の消化液の PCR の製品の電気泳動によって検出されます今 。