Endonucleases, kurios pripažįsta konkrečių bazinių sekas per DNR spiralė, sukurti dvigubo kryptis pertraukos DNR.

Pastaba: I tipo apribojimą fermentų susieti su šių svetainių pripažinimo, bet vėliau, išpjautas DNR skirtingose vietose. II tipo apribojimą fermentų ir susieti ir sumažinti per jų pripažinimo arba tikslines svetaines.