Tipa DNS marķieri, rada gremošanas genoma DNS ar ierobežojumu divus fermentus izveidot daudzus DNS fragmenti, specifiskas DNS (ko sauc par adapteriem) sērijas ligatējumu beidzas šie fragmentos pastiprināšanas fragmenti, izmantojot PĶR (izmantojot praimeru komplektu ar sekvences, kas atbilst adapteriem, kā arī dažādas izlases veida kombinācijas beigās trīs papildu bāzes), un vizualizācijas izmantojot gēla elektroforēzi fragmenti. PCR pastiprināt jebkuru fragmentu, kura secīgi notiek startēt ar jebkuru no trīs bāzes virtenēm praimeru komplektu. AFLPs ir svarīga priekšrocība, ka var būt daudz marķieru ģenerēts ar salīdzinoši nelielu piepūli. , Tie ir ļoti noderīgs līdzeklis, lai kvantitatīvā apjomā gan dokumentos, gan starp populācijas ģenētisko daudzveidību. Galvenais trūkums ir tas, ka tie nav raksturīgi īpaši gēna atrašanās vietai hromosomā un tāpēc viņi vērtē kā esamību vai neesamību, joslas, heterozygotes nevar atšķirt no homozygotes, t.i., tie tiek pārmantotas dominējošā modes.