Fermenti, kas noārdās DNS vai RNS molekulas, un iegrima phospho-smagai obligācijas, kas saiti blakus nukleotīdu klasi. (DNase) deoxyribonuclease, substrāts ir DNS. Endonukleāzes, tā pieķersies iekšējā vietās substrāta molekulā. Exonuclease pieķersies pakāpeniski no substrāta molekulas galā. (RNāzes), ribonukleāzes substrāts ir RNS. S1 nuclease substrāts ir viens balasta DNS vai RNS. Nucleases ir dažādas pakāpes bāzes secības specifiku, visvairāk īpašu ierobežojumu endonucleases tiek.