Gadījumu varianta garums DNS fragmenti, kas ir ražota pēc šķelšana ar tipa II ierobežojumu endonukleāzes. DNS garuma atšķirības ir sakarā ar esamību vai neesamību atzīšana citu konkrētu ierobežojumu fermenta. RFLPs sākotnēji konstatēja, izmantojot DNS zondes hibridizācijas pēc atdalīšanas sadalījušos genoma DNS gela elektroforēzē (dienvidu analīze). , Tagad tie parasti tiek atklāti elektroforēzē sadalījušos PCR produktu.