Een onderzoeksprotocol dat onderscheid wordt gemaakt tussen "zwarte doos" aanpak waar de onderzoeker een onbekende manipuleert, en "witte vak" benaderingen waar kennis van hoe iets werkt bepaalt de methodes te bestuderen. Door en grote, ecologie grenzen zelf aan zwarte doos methoden door te kijken natuurverschijnselen van buitenaf, "objectief," overwegende dat diepe ecologie, Studia en andere meer interactieve perspectieven streven ernaar om in contact met de binnenwerkingen van aard.