Een double-stranded DNA-molecule of DNA-RNA hybride, waar elk onderdeel is van een andere herkomst, en bijgevolg met een of meer onjuiste basenparen (complementaire). A DNA duplex wordt bereid door de kruising van single-stranded DNA moleculen afgeleid van twee verschillende bronnen. Waar de ANI van de twee identiek of vergelijkbaar sequenties, een double-stranded molecuul wordt vastgesteld, overwegende dat waar de ANI van de twee verschillen in volgorde, single-stranded regio's zal blijven. Een heteroduplex zal worden onthuld als single-strand "struiken" wanneer DNA is microscopisch elektron waargenomen. Een kaart van homologe en niet-homologe regio's van de twee moleculen kunnen daardoor worden geconstrueerd. Dit proces staat bekend als heteroduplex toewijzing.