Een vorm van VNTR (q.v.) waarin de herhaalde eenheden (q.v.) meestal van 10 tot 100 honken variëren. Ze meestal worden gedetecteerd door de zuidelijke hybridisatie (q.v.), met een sonde bestaat uit een kloon van de Herhaal eenheid. De eerste DNA-vingerafdrukken (q.v.) waren minisatellites gedetecteerd op deze manier. Minisatellites de neiging te worden gevestigd aan de uiteinden van chromosomen en in gebieden met een hoge frequentie van recombinatie.