Een klasse van enzym dat DNA cleaves na het herkennen van een bepaalde volgorde, bijvoorbeeld Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´), en Hin terugmatch (5´AAGCTT3´). Er zijn drie soorten beperking endonuclease enzymen:

Type I: snijdt niet-specifiek een afstand groter dan 1000 bp uit haar erkenning opeenvolging en bevat zowel beperking als methylering activiteiten.

Type II: Bezuinigingen op of in de buurt van een korte, en vaak palindromische (q.v.), erkenning volgorde. a afzonderlijke enzym methyleert dezelfde erkenning volgorde. Ze kunnen maken van de bezuinigingen in de twee DNA-strengen precies tegenover elkaar en genereren botte beëindigt, of ze kunnen gespreid bezuinigen voor het genereren van kleverige eindigt. Het type II restrictie-enzymen zijn vaak uitgebuit in recombinant DNA technologie.

Type III: 24-26 bp stroomafwaarts van een reeks van korte, asymmetrische erkenning snijdt. Vereist ATP en bevat zowel beperking als methylation van activiteiten.