Het voorkomen van variatie in de lengte van DNA fragmenten die worden geproduceerd na decollete met een endonuclease van type II restrictie. De verschillen in DNA lengtes zijn als gevolg van de aanwezigheid of afwezigheid van erkenning site (s) voor die bepaalde restrictie-enzym. RFLPs werden aanvankelijk ontdekt kruising met DNA-sondes na scheiding van verteerd genomic DNA door elektroforese van het gel (Zuidelijke analyse). Nu ze meestal worden gedetecteerd door elektroforese van verteerd PCR product.