Een polymorfisme (q.v.) op een bepaalde basis site in een codering volgorde, bijvoorbeeld op baseren 306 in een bepaald gen, een individu zou heterozygoot voor A en G: de moeders allel kunnen hebben een A op deze site, terwijl de vaderlijke allel een G op deze site heeft. Dit soort polymorfisme is uitgebreid in het genoom, en heeft het grote voordeel van detecteerbare zonder de noodzaak van de Elektroforese van het gel, die de weg voor grootschalige automatisering van genotypering opent.