Forekomsten av variasjon i lengden på DNA fragmenter som er produsert etter cleavage med en type II begrensning endonuclease. Forskjellene i DNA lengder er på grunn av tilstedeværelse eller fravær av anerkjennelse område(r) for at bestemt begrensning enzym. RFLPs ble først oppdaget med hybridization DNA sonder etter separasjon av digested genomic DNA av gel electrophoreser (sørlige analyse). Nå oppdages de vanligvis ved electrophoreser av digested PCR-produkt.