A ocorrência de variação no comprimento do DNA fragmentos que são produzidos após a clivagem com uma endonuclease de restrição do tipo II. As diferenças nos comprimentos de DNA são devido a presença ou ausência de reconhecimento de site para essa enzima de restrição particular. RFLPs foram detectados inicialmente usando hibridização com sondas de DNA após a separação do DNA genômico digerido por eletroforese em gel (análise do Sul). Agora eles normalmente são detectados pela eletroforese do produto do PCR digerido.