Techniki, z których można zbadać obszar nieznane w chromosomu. Jest on zazwyczaj stosowany do izolowania locus odsetki, które nie sonda jest dostępny, ale wiadomo że do genu, który został zidentyfikowany i imitacja. Fragment zawierający gen znany jest wybrane i stosowane jako sondy do określenia innych nakładających się fragmenty, które zawierają tego samego genu. Następnie można scharakteryzować te fragmenty, w sekwencji nukleotydów. Ten proces jest kontynuowany do długości chromosomów.