Cząsteczki dwuniciowego DNA lub DNA-RNA hybrydowych, gdzie każde pasmo jest innego pochodzenia, a w konsekwencji zawierające jeden lub więcej niedopasowane par (non uzupełniające). A DNA duplex jest przygotowywany przez hybrydyzacji pojedynczej nici DNA cząsteczki pochodzące z dwóch różnych źródeł. Gdzie dwóch wyznaczonych organów krajowych mają identyczne lub bardzo podobne sekwencje, cząsteczki dwuniciowego zostanie ustanowiony, zważywszy, że gdzie dwóch wyznaczonych organów krajowych różnią się sekwencją, jednoniciowych regionów pozostanie. Heteroduplex objawi się jako jednoniciowy DNA "krzaki", gdy DNA jest obserwowany pod mikroskopem elektronów. Mapa regionów homologicznych i nie homologiczne dwóch cząsteczek, a tym samym mogą być zbudowane. Proces ten jest znany jako heteroduplex mapowania.