Klasa restrykcyjne, który rozszczepia DNA po uznając określonej kolejności, np., Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´) i Hin przygoda (5´AAGCTT3´). Istnieją trzy typy endonukleazy enzymów:

Typ I: tnie konkretnie odległość większa niż 1000 bp z jego uznanie sekwencji i zawiera ograniczenia i Metylowanie.

Typ II: Cięcia w lub w pobliżu krótki i często palindromicznych (q.v.), rozpoznawanie sekwencji. A oddzielnym enzymu methylates tej samej kolejności rozpoznawania. Może ciąć w dwóch nici DNA dokładnie naprzeciw siebie i generować tępe końce, lub mogą one rozłożone kawałki do generowania lepkimi końcami. Typu II enzymy są powszechnie wykorzystywane w technologii rekombinacji DNA.

Typu III: 24-26 bp gruntowym z sekwencji rozpoznawania krótkich, asymetryczne cięcia. Wymaga ATP i zawiera ograniczenia i Metylowanie działań.