Polimorfizm (q.v.) w danej witrynie bazy w sekwencji kodowania, np. w podstawy 306 w danego genu, jedna osoba może być heterozygotyczne dla A i G: allelu matki może mieć A na tej stronie, a ojca allelu G na tej stronie. Tego typu polimorfizmu jest obszerna całego genomu i ma wielką zaletę, że jest wykrywalny bez potrzeby za pomocą elektroforezy żelowej, który otwiera drogę do zakrojonych na szeroką skalę automatyzacji genotypowania.