Endonucleases care recunosc specifice secvenţe de bază în cadrul unui helix ADN-ului, crearea unui dublu-strand pauza de ADN.

Notă: tip I restricție enzime lega la aceste site-uri de recunoaştere, dar ulterior tăiate ADN-ul de la site-uri diferite. Tip II restricție enzime atât lega şi se taie în site-urile lor recunoașterea sau ţintă.