Reguli pentru utilizarea liniilor de comunicare. Protocoalele pot identifica direcţia de fluxul de date, în cazul în care datele începe şi se termină, cât de mult datele sunt transmise, şi dacă date sau informaţii de control este trimis. Cele două protocoale care JES3 utilizează pentru a stabili un mediu de reţea de comunicare sunt binare sincrone (BSC) şi sistemele de reţea arhitectură (SNA).