Vznikla v polovici 80-tych rokov 2 Indonézska klerikov, JI stal teroristickú organizáciu, keď jeden z CO-zakladateľov, Abdullah Sungkar, prišiel do styku s Usáma bin Ládin a al Kajdy. JI odvtedy šírenia zahrnúť teroristické bunky v každej krajine v juhovýchodnej Ázii a v Austrálii. Hlavný cieľ organizácie je vytvorenie jednotného juhovýchodnej Ázie islamského štátu, ktoré chcú úsek od južnom Thajsku prostredníctvom malajský zahrňujúcu Singapur, a cez indonézske súostrovia do Južnej Filipíny. Sú najviac aktívny v Indonézii, Malajzii, Thajsku a Južné ostrovy na Filipínach, kde tvrdia viesť Svätý vojnu proti agenti "Western imperialismu" a iní, ktorí odolávajú ich pohybu.

v súčasnosti vedené Duchovenské Abu Bakar Bashir, JI pokladá za responsbile za mesiac október 2002 bombové útoky v Bali, Marriott bombardovanie v auguste 2003, a nepodarilo pozemok na bomby USA a izraelskej veľvyslanectiev a britskej a austrálsky diplomatických budov v Singapúre v decembri 2001.