Triedy endonucleases, ktorá cleaves DNA po UZNÁVAJÚC špecifické sekvencie, napr, Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´) a Hin dIII (5´AAGCTT3´). Existujú tri typy obmedzenie endonuclease enzýmy:

typu I: kusy osobitne neviazané vzdialenosti väčšej než 1000 bp z jej uznanie sekvencie a obsahuje obmedzenie a Metylácia činností.

Typ II: Kusy na alebo v blízkosti krátky, a často palindromic (vhodné), uznanie sekvencie. A samostatné enzýmu methylates rovnakej postupnosti uznanie. Môžu kusy v dvoch oblastiach DNA presne opačný navzájom a generovať tupý končí alebo robia rozložiť kusy generovať lepivými končí. Typu II reštrikčných enzýmov sú tie, ktoré sa bežne využívajú v technológia rekombinantnej DNA.

Typu III: kusy bp 24-26 z postupnosti krátke, asymetrické uznanie. Vyžaduje ATP a obsahuje obmedzenie a Metylácia činnosti.