V sredi osemdesetih ustanovilo 2 indonezijski clerics, JI postal teroristične organizacije, ko eden od Soustanovitelja, Abdullah Sungkar, prišel v stik z Osama bin Laden in al Kaida. JI je od širjenja vključiti terorističnih celic v vsaki državi v jugovzhodni Aziji in Avstraliji. Glavni cilj organizacije je ustvarjanje enotnih Azije Islamske države, ki želijo raztezajo od jugu Tajske, skozi Malajščina polotok, zajema Singapur, in čez indonezijski arhipelag v Južni Filipinov. , Ki so najbolj aktivni v Indonezija, Malezija, Tajska in Južni otoki Filipinov, kjer trdijo plače sveto vojno proti zastopniki "Zahodni imperializma" in drugih, ki upreti njihov pretok.Trenutno

vodstvom duhovnika Abu Bakar Bashir, da JI je mislil, da se odgovorno za oktober, 2002 bombardiranja Bali, Marriott bombardovanja avgusta 2003, in neuspele zemljišče za bomba ZDA in izraelska veleposlaništva in britanski in avstralski diplomatskih stavb v Singapuru decembra 2001.